Film ini dimulai dengan Fuyuki Hinata dan Keroro Platoon menjelajahi sebuah kuil yang ditinggalkan di kota puncak gunung Machu Picchu di Peru. Saat melakukan eksplorasi, Keroro secara tidak sengaja memasang…

Kiruru lainnya muncul di Pasifik Selatan, tetapi dikalahkan oleh dua entitas yang tidak dikenal yang terlihat seperti orang Keron, dengan perbedaan yang halus. Sementara itu, Keroro dan geng pergi untuk…