Seorang Shirou Emiya muda dan ayah angkatnya, Kiritsugu, melakukan perjalanan ke Fuyuki untuk menyelidiki keluarga Sakatsuki, yang dikabarkan akan menyembunyikan seorang anak dengan kemampuan sihir yang kuat.

Saat itu tahun 1939 – saat itulah Neuroi muncul. Tidak ada yang tahu dari mana mereka berasal atau apa agenda utama mereka, tetapi kenyataannya tetap bahwa serangan mereka membuat orang…