Berpose sebagai kekasih berlibur, Motoko dan Batou bekerja untuk mencoba menghentikan organisasi teroris yang simbolnya adalah Scrasath. Sementara itu, Togusa menyelidiki pembunuhan seorang pria yang memiliki kaki prostetik yang diproduksi…

Kisah ini diatur pada 2027, satu tahun setelah berakhirnya perang non-nuklir keempat. New Port City masih belum pulih dari akibat perang ketika menderita pemboman yang disebabkan oleh tambang self-propelled. Kemudian,…